Монгол Улсын Шүүхийн тухай хуулийн зарим зүйл, заалт нь Үндсэн хууль зөрчсөн эсэх маргааныг Үндсэн хуулийн цэцийн Дунд суудлын хуралдаанаар хянан хэлэлцлээ. Шүүгчийн хараат бус байх, шүүхийн бие даасан байдлыг хангах зорилго бүхий Шүүхийн Ерөнхий зөвлөл болон шүүгчийн сахилга хариуцлагын асуудлыг хянан шийдвэрлэх чиг үүрэг бүхий Шүүхийн сахилгын хорооны бүрэлдэхүүнд хамаарах шүүгч бус гишүүнийг тус тус Улсын Их Хурал дангаар томилохоор Монгол Улсын шүүхийн тухай хуульд тусгасан байна. Энэ нь Үндсэн хуулиар баталгаажсан төрийн эрх мэдэл хуваарилах зарчмыг алдагдуулах нөхцлийг бүрдүүлж улмаар Үндсэн хуулийн холбогдох заалтыг зөрчсөн байна гэж Үндсэн хуулийн цэцийн хуралдаанаас дүгнэлээ. Иймд Шүүхийн тухай хуулийн 76 дугаар зүйлийн 76.2, 77 дугаар зүйлийн 77.1-77.11 дэх хэсэг, 95 дугаар зүйлийн 95.4, 95.5, 95.7 дахь хэсгийг тус тус түдгэлзүүлэв. Харин Монгол Улсын Ерөнхийлөгчийн хүсэлтэд тусгасан Шүүхийн тухай хуулийн бусад заалт Үндсэн хуулийн холбогдох заалтыг зөрчөөгүй байна гэж Цэц үзлээ.